標準菌株：亦稱模式菌株，由國內或國際菌種保藏機構保藏的，遺傳學特性得到確認和保證和保證并可追遡的菌株。標準菌株的復活或培養物的制備應按照供應商提供的說明或按已驗證的方法進行。

   在給某細菌定名，分類作記載和發表時，為了使名準確和作為分類概念的準則，以純粹活菌可繁殖狀態所保存的菌種。相當于動植物分類中的模式標本。在進行細菌等的分類和鑒定時，生理學和生物化學特性十分重要，但若就這些性質進行試驗，就必須應用許多純分離的新細胞。因此，作為分類標準的菌種，也有必要進行純粹分離，并以活菌可以分裂狀態保存。

   在標準菌種中，對于從作過原始記載的作者實際分離或應用的菌株，通過營養繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標準菌株。此外當原作者使用復數菌株，以后的研究者選擇其中之一作為最適當的菌株時，稱該菌種為選定標準菌株。當原作者使用的菌株失掉，以后的研究都就新的菌株研究，記載后，確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發生變異。